開普敦最初環繞碼頭發展,因為由荷蘭開往東非、印度和亞洲的商船都會路經此地作補給,久而久之便成為歐洲人在撒哈拉以南非洲地區的第一個長期聚居點。其後歐洲人亦建立了他們的第一所軍事基地好望堡(Castle of Good Hope),在約翰內斯堡的建立及在德蘭士瓦發現大量的黃金和鑽石之前,開普敦是非洲南部最大的城市。
第一批到達此地的歐洲人是1486年由迪亞士帶領下到達的。其後,葡萄牙航海家瓦斯科·達伽馬在1497年開發由歐洲直達亞洲的航線中途到達此地。另外,桌山則是由另一名葡萄牙航海家安東尼奧·達·沙丹那(Antonio da Saldanha)所命名的,意謂「岬(海角)之桌」(Taboa da caba)。在此之前,該山的原名是由當地的科伊族人(Khoi)所起的海山(Sea Mountain,Hoeri 'kwaggo)。
開普敦與歐洲的緊密聯繫始於1652年。荷蘭船長贊·范里貝克(Jan van Riebeeck)與其他荷蘭東印度公司職員獲派遣至該地,以建立一個為遠航亞洲的途經船隻提供補給的中途站。他們的三艘船隻於1652年4月6日抵達[9],很快就建立起駐紮點、菜園和果園,而這些園林仍保存至今成為今天的公司花園(Company Gardens)。另外,他們從桌山上的清新河(Fresh River)開拓引水道將河水引作灌溉之用,並以其種植之農作物與原居的科伊族人交易綿羊和牛犢,又在桌山的東南兩邊以及豪特灣的森林為興建房屋和船隻提供了充足的木材。此時,東印度公司壟斷了所有貿易事務,並禁止一切私人交易。荷蘭人並為他們遇到的民族命名,如稱當地的遊牧民族為何騰託人(Hottentots),稱居於沿海地域以採貝為生的民族為史特蘭洛帕人(Strandlopers),以及稱以狩獵為生的人為布西曼人(Bushmen,意謂居住於叢林地的人)。
首次出現亞洲人遷居非部南部始於1654年,這些移民都是被荷蘭巴達維亞最高法院(Dutch Batavian High Court)放逐到非洲的[10]。這些亞洲人組成了開普有色人種(Cape Coloured)族群的雛型,並將伊斯蘭教帶到該地。而首次的大型領土擴張則發生於1657年,當時的東印度公司將位於里斯貝克河(Liesbeeck River)沿岸的農地分派給下僕耕種,以嘗試增加農作物的產量,但依然保留財政上的主導權。同年,首批從爪哇和馬達加斯加引入的奴隸開始為他們工作。1658年,歐洲人開始與當地原住民展開了領土上的衝突,他們奪得了科薩族人的土地。其後,在1666年歐洲人開始於范里貝克建造的木製要塞上改建了首座軍事基地好望堡,堡壘於1679年落成,是目前南非最古老的建築物。
1679年,荷蘭首位派駐總督的西蒙·范德斯特爾(Simon van der Stel)到達開普敦,替代范里貝克成為當地領導者[12]。他致力於種植葡萄和釀製葡萄酒,為這個日後的重要產業奠下了重大的基礎。另一方面,他亦致力於擴展殖民地的疆界和領土。1688年,首批非荷蘭裔的移民來到了開普敦,他們就是在法國反新教徒運動中被逼害的胡格諾派教徒。東印度公司為他們提供了居住點和農地,而他們亦為未來的葡萄酒發展作出了重大的貢獻。
隨著外地移民的不斷增加,直至1754年開普敦的外來人口已達5,510名歐洲人以及6,729名奴隸[14]。但是在1780年,英國和法國開始了他們之間的戰爭,而作於法國的夥伴的荷蘭亦加入了戰事,故此法國亦派出了一小支軍隊到開普敦作防衛之用[14]。但其後軍隊於1784年被撤走,而法國在1795年更入侵荷蘭,令荷蘭東印度公司陷入極嚴重的財政危機。當時,建立荷屬巴達維亞共和國的荷蘭王子(Prins van Oranje)出逃至英國尋求保護。這件事卻為英國帶來了一個重大的成功契機。在當時,新聞傳播並不發達,歐洲的新聞往往需要很長的時間才能傳到非洲。故此,開普敦的首長對歐洲情況並不清楚,只知道法國奪去了荷蘭一些土地,所以荷蘭有可能會在戰事中改變立場而已。就在此時,英國軍方帶著一封聲稱由荷蘭王子所撰的授權書信要求在開普敦駐軍以作保護之途。正於開普敦官員爭論是否應該相信他們之際,英國就突然發動「梅森堡戰役」(Battle of Muizenberg)成功佔領開普敦,並隨即宣佈開普敦成為自由港。