任何進入教堂的人都會懷疑,那些跨過中堂和聖壇的未剝皮材橫樑是否還是原物。事實上,它們不是。中世紀時期,在聖壇的入口處增加了一個帶天蓋的祭壇。為了給新增的祭壇騰出空間,一些木板不得不被鋸掉,因而必須使用如今這些不怎麼好看的橫樑來支撐整個結構。1662年末,一把名叫「克羅卡斯托倫」(Krokastolen)的長椅——又名「蒙特家庭長椅」(the Munthe family pew)——也被安裝在同一地點。
1573年的宗教改革之前,教堂已經使用了長達四百年的時間。最後一位大主教奧拉夫·恩格布雷克特松(Olav Engelbrektsson)於1573年逃離挪威,至此,路德宗獲得了勝利。對聖徒的崇拜被禁止,這導致了教堂中許多最古老的藝術品從此消失。後來又增加了佈道壇,擺放了長椅,聖壇的入口也被擴大,這樣人們就能更清楚地看到祭壇上發生的事情。隨著文明程度的提高,教堂採光逐步改善,並安裝了窗戶和天花板。 在天主教時期,烏爾內斯教堂是一座教區教堂。但在宗教改革之後,它成為了位於哈夫斯洛(Hafslo)的主教堂的下屬教堂。17世紀,中堂向南方擴建。1720年代,弗雷德里克四世(King Frederik IV)將教堂賣給了牧師克里斯多弗·蒙特(Christoffer Munthe),以此換取大北方戰爭(the Great Nordic War)的資費。後者對教堂的私人所有權一直持續到了1850年,教堂才又被教區買下。1880年,該教堂被捐贈給挪威古?保護會,並於1979年納入聯合國教科文組織(UNESCO)的世界文化遺產列表。